代谢组学数据分析的统计学方法免费做分析—金

作者: 来源: 发布时间: 2018-11-23 03:05 字号:【

  金弗康一家专门从事生物信息数据挖掘分析转化云平台的开发及销售、企业或科研机构生物信息智能分析软件个性化定制、测序或实验外包、培训等服务的企业。公司一方面帮助科研工作者快速高效的对数据进行专业分析并转化为产品,切实解决生命科学产业链中的数据分析的瓶颈问题,打破国外信息软件的垄断局面,助力科研创新;另一方面提供基因、蛋白、代谢大数据 分析,提高临床决策的效率和早期诊断筛查的精确度。 公司时刻掌握生物技术*进展。公司实行专业化的服务体系和研发流程,不但能为客户提供专业化的基因分型方面的技术支持和服务,而且能为客户提供一站式的基因研究解决方案,提供从设计到检测分析再到专业技能培训在内的一体化服务体系。

  转录组(RNA-Seq):在生物学研究中,一个物种在不同处理条件下,某一特定性状会存在明显差异,以差异明显的个体互为对照,往往可以作为寻找、研究特定性状相关调控基因的良好材料。代谢组(metabolome):指参与生物体新陈代谢、维持生物体正常生长发育功能的小分子化合物的集合,主要是指相对分子量小于1000的内源性小分子。代谢物是基因型与表型之间的桥梁,代谢物的变化更能直接揭示基因的功能,因此能够更有效地揭示生物学及其生化、分子机理。将转录组与代谢组联合分析,能够更好地找到关键调控代谢通路、找出关键调控基因、解释生物体生长发育、环境响应、生理状态、病理应答的分子机制。

  那么如何进行代谢组与转录组关联分析?总的来说,基于“参与同一生物过程中的基因或代谢物具有相同或相似的变化规律”这一原理进行分析的。今天小编就为大家介绍一款超实用的转录组与代谢组关联分析软件Metscape。

  Metscape是一个用于在人类代谢网络背景下可视化和解释代谢组数据的Cytoscape插件。我们通过提取和整合来自几个公共来源的信息开发了一个代谢物数据库。通过查询这个数据库,Metscape允许用户追踪代谢物和基因间的连接,可视化化合物网络并显示化合物结构以及反应、酶、基因和通路信息。Metscape能够显示整个代谢网络或数据库中存在的任何通路特异性网络。

  通过无参转录组de novo assembly,N50长度为1905bp。作者进而重点关注BPA处理后的相关DEGs和通路,发现氧化还原酶活性oxidoreductase activity相关基因显著差异,说明微藻通过上调这些基因提高BPA氧化反应,达到生物降解的目的。此外,葡糖转移酶UDP-glucosyltransferaseactivity相关基因也有明显的差异,能源统计作者推测这些基因推动BPA快速糖苷化代谢。

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